Dentro da gestão tripartite que rege a Fundação do ABC, as prefeituras instituidoras – Santo André, São Bernardo e São Caetano – se revezam na administração da entidade a cada dois anos. A gestão atual representa Santo André. Já os nomes para o biênio 2018-2019 foram indicados pelo prefeito de São Bernardo.
Advogado formado em 1981, Dr. Carlos Roberto Maciel assumiu inicialmente a FUABC em 19 de setembro deste ano, indicado pelo prefeito Paulo Serra para substituir a médica Dra. Maria Bernadette Zambotto Vianna. A convite do prefeito Orlando Morando, Maciel também comanda a Secretaria de Coordenadoria de Assuntos Governamentais de São Bernardo.
Já a atual secretária-geral da FUABC e futura vice-presidente, Dra. Adriana Berringer Stephan, tem formação em Medicina pela Faculdade de Medicina do ABC (1993), onde também cursou residência médica em Cirurgia Geral (1995) e em Endoscopia Digestiva Alta (1996). No âmbito da administração pública, foi diretora técnica do Ambulatório Médico de Especialidades (AME) de Santo André e atualmente está à frente da Diretoria de Saúde do município de São Caetano do Sul. Traz ainda no currículo especializações em Gestão em Saúde, pela FMABC, e em Fundamentos da Economia e Saúde, pela Escola Paulista de Medicina da Universidade Federal de São Paulo (EPM-Unifesp).